意想不到的是，作为台大校长的傅斯年竟与这样一个人物在议会大厅遭遇了。
当时的台湾大学属台湾省政府拨款，具体通过省教育厅长，也就是当年在西南联大为平息学潮出力甚多，于“抢救学人”中在南京出谋划策的陈雪屏具体操作。故“郭大炮”便以台湾土著的身份，向“傅大炮”斯年开起火来。据在场者事后透露，郭的发难主要是国民党教育部从大陆抢运来台并存放于台湾大学的器材如何处理，以及放宽台大招生尺度等问题。此事看起来简单，但又十分敏感、复杂、棘手。如台大招生，尺度己尽量放宽，招生人数已达最高限度，但各界仍不满意，特别是郭国基等人认为台大亏待了当地生源，便宜了国民党官僚的后代，并以各种方式和手段向学校施加压力，惹得傅氏极其恼火愤怒。今日郭氏质询，当然需由傅斯年亲自答复，于是傅不得不第二次登台讲话。在回答完上述两个问题之后，郭又提出台湾大学用的是台湾人的钱，就应该多聘台籍教授，多取台湾土著学生，否则便是与台籍人民作对等。针对郭的提议，傅斯年予以反击，在讲台上大谈其办学的原则、规矩、计划与理想，并云台大考试，对台籍学生已尽量照顾，考虑到台籍学生的国语水平较差，光复未久，在录取时专门规定国文科分数比大陆学生降低10分录取等。讲着讲着，傅氏情绪激动起来，说道:“奖学金制度，不应废止，对于那些资质好、肯用功的学生，仅仅因为没有钱而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能把他们摒弃于校门之外。”又说：“我们办学，应该先替学生解决困难，使他们有安定的生活环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，而只要求他们用功读书，那是不近人情的……”[17]言毕，大约是6时10分，傅斯年满含怨气地慢步走下讲坛。就在即将回归座位时，突然脸色苍白，步履踉跄，坐在台下的陈雪屏见状，赶紧上前搀扶，傅只说了一句：“不好！”便倒在陈雪屏怀中昏厥过去。较近的议员刘传来疾步向前，把傅斯年扶到列席人员的坐席上，让其躺下，顺便拿陈雪屏的皮包作了枕头。从此，傅斯年进入昏迷状态。
刘传来本身是台大的医学教授，经他初步诊断，傅是高血压病发作，于是一面用冷毛巾贴额，一面打电话通知台大附属医院和俞大綵。傅原定当天晚上6点钟在家中召集有关人员开会，商讨台湾省政府和台湾大学合办“血清疫苗制造所”事宜，下午2点多钟还打电话给校长室秘书那廉君，让他把自己亲笔拟定的合作办法准时送到家中，以便开会时用。5点多钟，那廉君来到傅家，俞大綵以为众人在家里开会，自己不便打搅，准备外出去吃饭。不一会儿，傅的司机老杨气喘吁吁地跑进来呼喊：“校长不行了，校长晕倒了！”俞大綵、那廉君等急忙驱车赶到省议会厅。
南渡北归：离别（第二章浮海说三千弟子）傅斯年之死（5）
大约6时30分，台大附属医院院长魏火曜、台大医学院代院长叶曙、副教授王大杰亦赶到会场。经王大杰诊断，傅斯年得了脑溢血，当即采取急救措施。此时，台湾的陈诚、何应钦、王世杰、程天放、罗家伦、朱家骅等政界要人，以及学术界人士李济、董作宾、毛子水、萨孟武、英千里、劳榦等纷纷赶来探视病情。蒋介石闻讯，立即指令陈诚动员台湾所有名医，不惜任何代价抢救傅斯年的生命，并要陈诚每过半小时打一次电话报告傅斯年的病情。陈诚得令，竭尽全力组织台湾一流医务人员进行抢救。病床上的傅斯年仍处于昏迷中，西装已被剪开，头部堆满了冰块，医生、护士跑前跑后地紧张忙碌。满脸焦虑之色的陈诚在会议室来回踱步，周围站立的一圈党政要人均不敢坐下，神态凝重地观望着来自病室的风吹草动。
9时30分左右，傅斯年的血压渐降至180左右，体温亦降至38℃，情况稍有好转。至11时23分，仰躺着的傅斯年突然睁开了眼睛，床前的医护人员惊喜交加，以为傅氏终于醒了过来。医师急忙走过来按了按脉，抬手合上了眼皮，一声不吭地退后低下了头。这时众人才顿悟——傅斯年走了。门外的俞大綵会意，疾步进来抱着傅斯年号啕大哭：“孟真呵，孟真……”陈诚等人闻讯，冲出会议室呼呼隆隆地向病房奔来。——傅斯年就此与大家永别了。
第二天，台湾省议会副议长李万居召开新闻记者招待会，宣布台大傅斯年校长于20日夜“弃世”。李万居乃台湾土著，国语水平极差，有大陆籍记者误把“弃世”听成“气死”。[18]于是马上传出消息，说傅斯年参加省议会，被参议员郭国基活活气死。当天台湾报界刊发消息，称“郭大炮”与“傅大炮”两门大炮不幸交火，“大炮议员郭国基骂倒傅斯年，傅氏绝命身亡”云云。
12月21日，台湾大学宣布停课一天，悼念校长并下半旗志哀，由各院系学生代表联合会组织学生排队前往极乐殡仪馆致唁。当学生们听说傅斯年是被郭国基活活气死的消息后，心中的悲痛立即转为愤怒，纷纷冲出灵堂，打着“失我良师”的白色横幅，向省议会厅拥去。学生们聚集在省议会厅门口，强烈要求气死傅斯年的郭国基出来述说昨日会场中质询经过。郭国基隔着门缝一看学生们包围了参议会，并高声怒吼：“郭国基有种你出来，你出来……”冲在前方的学生喊叫着与阻拦的议会人员扭打在一起。躲在门后的郭国基见状，立即意识到事情严重，怕遭到对方的群殴，张狂之气顿消，乃悄悄溜出后门，老鼠一样逃窜了。副议长李万居一看郭氏溜之乎也，万般无奈中，只得硬着头皮出面向学生解释，说郭国基昨天提出的质询没有伤害傅校长处，言辞也不过分，等等，学生们置之不理。陈雪屏又出面加以解释说：“昨天的质询，总共有六项，我本人回答了四项，傅校长回答了两项，那些问题都不是什么难题……”[19]但学生坚持要郭国基出来答话。人越聚越多，有人喊出了“杀郭国基为傅校长报仇雪恨”等口号，并开始冲撞议会大厅，局面异常紧张，台北市警察局长亲临现场指挥大批警察维持秩序。此时阴风顿起，大雨骤降，风雨交织中现场更加混乱。愤怒的学生终不肯离去，继续冲击议会大厅，并与警察发生肢体冲突。直至下午1时20分，台湾大学训导长傅启学冒雨赶来，向群情激愤的学生高声喊话：“我跟傅校长一块在北大时，即是好朋友，我到台大也是由于傅校长让我来的，这次出事我十分愤慨。不过现在大家只有百多人，我们回去聚集全校师生开会讨伐他。而且现在是戒严时期。”[20]傅氏转头看了一下全副武装的宪警，又说，“郭国基在议会里讲话，可以不负责任，他所问的问题，都是些没有常识的问题。傅校长是学术界第一流的人物，拿他和一个毫无常识的参议员是不能相比的。今天大家到这里来，是出于对傅校长的敬爱，假如他在世的话，一定不愿大家这样做。如果今天同学出了事，叫我如何对得起地下的傅校长。”言毕，傅启学已是泪流满面。学生们见状，悲从中来，同声哭泣，泪水和着雨水在整个议会大厦前弥漫流淌。眼看已是黄昏时分，傅启学含泪表示将同学们提出的问题交省参议会，由参议员作书面答复，尚未吃中午饭的学生已是饥肠辘辘，听说郭国基已从后门逃跑，一时难以抓住，只好拉队返校。
南渡北归：离别（第二章浮海说三千弟子）傅斯年之死（6）
12月22日，傅斯年遗体大殓，自早晨7时起，前来吊唁者越来越多，殡仪馆的屋子和院子几无立足之地。在上千吊唁者中，有台湾学者、名流、国民党军政大员、傅斯年的亲友、同事和台湾大学的学生。国民党元老于右任扶杖前来，陈诚哭得两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗家伦、王世杰、朱家骅、李济、董作宾、毛子水等人，另外加上一个刚从香港赴台，与傅斯年生前关系并不融洽的钱穆，都站立在人群中默然相送。10时30分，傅斯年的遗体送往火葬场，上千人冒着大雨，踏着泥泞的道路，慢慢行走。热泪横流的学生们手执小旗，上面写着：“校长，回头来瞧瞧我们！”望之令人心碎。目睹此场面的台湾记者于衡在后来回忆自己采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见到的最真诚、最感人的一幕。”[21]
12月31日，亦即1950年的最后一天，治丧委员会在台湾大学法学院礼堂（当时台湾大学本部尚无大礼堂）举行傅斯年追悼会。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“国失师表”挽章，国民党高级官员、名人学者的挽章、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界要人亦皆前来，竟日致祭者达5000余人。据统计，当时各界致送挽联达270余副，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。
“中央研究院”历史语言研究所同仁的挽联：
廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，学术方基，忍看一瞑；五百年名世奇才，闳中肆外，江山如此，痛切招魂。
台湾大学全体师生的挽联：
早开风气，是一代宗师，吾道非欤？浮海说三千弟子；忍看铭旌，正满天云物，斯人去也，哀鸿况百万苍生。
国民党大佬于右任挽联：
是子路，是颜回，是天下强者；为自由，为正义，为时代青年。
蒋梦麟挽联：
学府痛师道，举国惜天才。
蒋介石于12月22日发唁函致俞大綵夫人。12月30日又频布褒奖令。傅氏身后可谓备极哀荣。
台湾大学为纪念傅校长开创台大一代风气的功绩，按照美国维吉尼亚大学为杰弗逊（ThomasJefferson）专门在园内建造陵墓的成例，特在台大实验植物园内划出一块地建造罗马式纪念亭，亭中砌长方形墓一座，同时按中国传统，墓前立无字碑一座，设纪念亭，另有喷水池搭配，形成独特的景观。1951年12月20日，傅氏逝世一周年忌辰，举行安葬仪式。典礼由继任校长钱思亮主持，俞大綵亲手将傅斯年的骨灰安置在大理石墓椁中。现场有二千余人观礼，气氛庄严肃穆。自此，此处被称为“傅园”，墓亭定名“斯年堂”，与周围景致浑然一体，蔚为壮观。兵工署特别捐赠一座纪念钟，钟上铸有傅斯年提出的“敦品励学，爱国爱人”八字校训。后来，这座钟架设在行政大楼前的水池和椰林大道之间，名为“傅钟”，成为台大精神的象征。
傅斯年溘然长逝，远在美国的胡适闻迅，立即给俞大綵发来唁电：“孟真的去世使中国失去了一位最有天才的爱国者，我自己则失去了最好的朋友、诤友与保护人。……”[22]
随着媒体报道，在海峡另一边的学术界人士，也通过不同的渠道陆续得到消息并有不同的反应。已成为中国科学院副院长的竺可桢在日记中写道：“阅《参考消息》知，傅孟真于星期二下午列席台湾省参议会，报告台大状况，皆即患脑充血，于晚11点20余分去世，年55岁。孟真为人专断，才大而私心太重，解放前将史语所全移台湾，并影响数学所，实研究院之罪人也。”[23]
几乎与此同时，蛰住岭南的陈寅恪亦得知傅的死讯，想起与傅的交情，特别是抗战八年傅氏给予自己的帮助与关怀，悲从中来，赋诗一首为之追念。鉴于当时的天命、人事，以及严酷的政治气氛和压力，陈氏不能直白地剖露心迹，只能采取历来知识分子惯用的“曲笔”手法，以《霜红龛集望海诗云〈一灯续日月不寐照烦恼不生不死间如何为怀抱〉感题其后》为题而作，以此表达心中的哀悼之情。诗云：
不生不死最堪伤，犹说扶余海外王。